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苍耳子的化学成分研究较为深入。果实含有苍耳苷，种子含有脂肪油等成分。具体包括：苍耳子苷、树脂、脂肪油（其中有大量亚油酸）、生物碱、维生素C及色素等。脂肪油中含油酸、亚油酸、棕榈酸、硬脂酸等。
现代研究表明，苍耳子的毒性成分可能是一种苷类性质的物质，它能引起动物的血糖急剧下降而致惊厥和死亡。动物病理解剖发现，中毒后肾脏、肝脏都受到损害，脑组织有继发性水肿。在质量标准研究方面，苍耳子及其炮制品的水分一般在5%以下，水浸出物不低于8%，脂肪油不低于12%。
《中国药典》记载苍耳子虽为有毒，但其生品和炮制品的急性毒性均不大，未能测出LD50，其最大耐受量为成人临床用量的277倍以上。在临床应用研究方面，苍耳子在治疗鼻炎、鼻窦炎方面疗效确切，以苍耳子为主的复方制剂广泛应用于临床。此外，苍耳子在治疗类风湿性关节炎、皮肤病等方面也有一定的研究进展。
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